En un primer momento las compañias que integraban un tercio (llamadas Banderas), eran compañias mixtas de piqueros, arcabuceros y mosqueteros, pero posteriormente las compañias fueron homogeneas, de piqueros u de armas de fuego, al juntarse entre 12 y 15 banderas se formaba un Tercio. En la epoca de la guerra de los 30 años (1618-1648) las banderas eran como ya dige homogeneas.
En cuanto a las tropas de dragones pasa un poco lo mismo al principio mediados del siglo XVI las tropas de arcabuceros montados son solo eso infanteria que se traslada a caballo, devido a la impossibilidad de poder disparar con los arcabuces o los mosquetes de mecha, al pasar de siglo y mejorarse las armas de fuego con la adopcion de armas de serpentin y de rueda, posibilito no solo disparar comodamente desde el caballo si no tambien poder recargar el arma, siendo esta la situacion durante la guerra de los 30 años.
Espero que te haya servido un poco para aclarar tus dudas ...saludos