Una de las principales diferencias, la cuál llegó a obstaculizar la unión en la Baja Edad Media, fue la cláusula "filioque" del Credo. Para los católicos, el Espíritu Santo procede del Padre y del Hijo ("Credimus in unum verum Deum Patrem et Filium et Spiritum Sanctum ... sed a Patre Filioque procedens"), mientras que para la Iglesia Ortodoxa sólo proviene del Padre, lo cuál empieza a tocar el problema de la naturaleza y persona de Cristo, que si creado por el Padre, que si solo engendrado, que si consustancial, que si no, etc. O sea, el problema de la Trinidad también. Todo ello mezclado con la tradición cesaropapista de los emperadores bizantinos, frante a la tradición romanopapal de supremo poder eclesial y temporal, lo que genero la animadversión al Papa como base de una Iglesia fundada sobre él por Cristo ("Tú eres Piedra y sobre esta piedra edificaré mi asamblea...") jerárquimente organizada y dependiente del solio romano. Para los ortodoxos el Papa no es sino el mero Obispo de Roma y no tiene carácter ecuménico.